Do najważniejszych szkodników selera należą: połyśnica marchwianka, liściolubka selerowa, przędziorek chmielowiec, mszyca gruszowo-pasternakowa, nicienie, większe szkodniki glebowe (rolnice, drutowe i pędraki), ślimaki i gryzonie. O tym jak sobie z nimi radzić informowała dr hab. Maria Pobożniak, prof. UR w Krakowie podczas październikowej konferencji „selerowej” odbywającej się na UR w Krakowie.
Wśród działań prewencyjnych przed wystąpieniem połyśnicy i liściolubki należy wymienić m.in. właściwą lokalizację stanowiska do uprawy rozumianą jako unikanie wystawy południowej oraz pobliskich zarośli i dzikich krzewów. Ponadto należy po zbiorze wykonać głęboką orkę i dokładnie przykryć obornik. Do zwalczania chemicznego tych szkodników zaleca się stosowanie preparatów opartych m.in. na acetamiprydzie, np. Mospilan 20 SP i Sekil 20 SP.
Istotnym zagrożeniem zwłaszcza w suche i upalne lata jest przędziorek chmielowiec. Wysysa on soki roślinne, czego efektem jest ogłodzenie roślin i zmniejszenie plonu. Aby jak najszybciej zainterweniować należy systematycznie lustrować plantacje od maja do lipca. Przędziorka chmielowca poleca się zwalczać preparatami biotechnicznymi lub biologicznymi takimi jak: Afik, Siltac, Naturalis L.
Mszyca gruszowo-pasternakowa jest szczególnie groźna dla młodych roślin selera. Zasiedla jego szyjki korzeniowe oraz pochwy liściowe. Efektem żerowania tego szkodnika jest więdnięcie roślin wskutek wysysania soków roślinnych oraz zahamowanie wzrostu. Mszycę tę można zwalczać za pomocą preparatów zawierających naturalne pyretroidy, oleje roślinne i polimery silikonowe.
Duże zagrożenie dla selera stanowią również nicienie. Szkody wywołują szpilecznik baldasznik, niszczyk zjadliwy, guzak północny a także korzeniaki i mątwiki. Pierwszy z nich wywołuje u roślin stymulację tworzenia wielu korzeni drobnych, w wyniku czego tworzą się „kępki” korzeni, a brak jest właściwego zgrubienia korzeniowego lub jest on niewielki. Przyczynia się również do jego ordzawienia w wyniku wtórnego zainfekowania chorobami grzybowymi. Do zapadania się tkanek i zgnilizny korzenia spichrzowego może dojść w wyniku żerowania niszczyka zjadliwego. Z kolei guzak północny inicjuje tworzenie się na korzeniach charakterystycznych narośli. Korzenie są często krótsze i zdeformowane. Występowaniu nicieni można przeciwdziałać głównie poprzez właściwe zmianowanie oraz stosowanie preparatów mikrobiologicznych tworzących niekorzystne warunki do żerowania np. Nematado Biocontrol.
